近年来，随着测序技术的不断发展，实现对大量分离菌高通量，更准确的序列分析，以及对细菌种群进行高分辨率的系统发育分析，极大地提高了对病原微生物产生、适应和传播的认识。高通量测序（high throughput generation sequencing，HTS）技术是人类和动物基因组学研究领域中最热门的话题，与基于Sanger方法的最复杂的毛细管测序仪相比，该技术可以产生的数据多100倍。

与传统的第一代测序，又称Sanger测序相比，在DNA测序方面，HTS技术具有快速、廉价和高通量的优点，使得细菌基因组学研究发生了巨大的变化。高通量“台式”测序仪的出现的使实验室能够独立于专业测序中心进行测序工作，同时，HTS高分辨率的特点可以确定病原菌克隆的分子机制，辅助研究人员推断出全球大流行以及局部暴发期间的传播途径，甚至可以对患者个体在感染期间进行细菌种群进化分析。与传统的杂交方法相比，HTS还提供了转录组分析的潜力，包括覆盖全基因组范围及准确定量等，且深度测序辅助对细菌突变体文库的构建，以确定病原菌在体内生长或在其他特定生长条件下存活所需的决定因素。本文将对HTS在细菌病原体方面的近期研究进展进行阐述。

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三、有助于了解病原性克隆出现的分子基础

对大量紧密相关的分离菌株进行测序可帮助我们重建高分辨率的系统发育树，有助于对病原菌克隆株出现和传播的潜在过程进行深入了解。例如，基于HTS的进化研究，证明了第七次霍乱大流行由三个独立事件组成，后两个是由于霍乱弧菌获取复方新诺明抗生素耐药元件造成的，这导致了对常用霍乱治疗的失败引发了流行。

四、HTS在了解病原体生物学方面的未来应用

测序技术的飞快发展，单分子测序、读长不断的增加使得微生物群落内单个病原体的高

精度组装成为了可能。目前细菌培养依然是全基因组测序必不可少的前提条件步骤，但目前已研发出可不经过培养直接检测标本中微生物的新型方法。这些应用在明确病因不明的感染性疾病中价值巨大。此外，跳过培养的环节，大大节省了样本周转时间。

综上所述，测序技术的发展彻底改变了我们对感染性疾病的研究方式。这种新的技术方法可使人们更加了解微生物病原体的生物学，从而改善感染的情况及最终治愈感染性疾病。