2012年，原3所专业学院分别更名为航空航天工程、防空反导、信息与导航学院，新组建空管领航、装备管理与安全工程2所学院。2017年7月，以原空军工程大学和空军第一航空学院为基础，合并组建新的空军工程大学，办学基础和规模进一步巩固扩大，形成了航空工程学院、防空反导学院、信息与导航学院、空管领航学院、装备管理与无人机工程学院、研究生院、航空机务士官学校、基础部、军政基础系“六院一校一部一系”的总体布局。

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